• La Révolution arabe, dix leçons sur le soulèvement démocratique, Paris, Fayard, 2011, 254 p. (version originale en anglais éditée chez Hurst en collaboration avec le CERI).
• Les neuf vies d’Al-Qaida, Paris, Fayard, 2009, 366 p. (traduit en espagnol par Icaria, Barcelone, et réédité dans une version de poche actualisée sous le titre La Véritable histoire d’Al-Qaida, Paris, Pluriel, 2011).
• Mai 68 à l’ORTF, Paris, Nouveau Monde, 2008, 350 pages (préface de Jean-Noël Jeanneney).
• L’Apocalypse dans l’Islam, Paris, Fayard, 2008, 378 pages (prix Augustin-Thierry des Rendez-vous de l’Histoire de Blois, traductions en anglais par University of California Press, Berkeley, et en italien par Obarrao, Milan).
• Les frontières du jihad, Paris, Fayard, 2006, 368 pages (traduit en catalan par les éditions 1984, Barcelone).
• Mitterrand et la Palestine, Paris, Fayard, 2005, 370 pages.

• "Le rapport de Charles de Gaulle à l’Islam", in Fondation Charles-de- Gaulle,  Charles de Gaulle, chrétien, homme d’Etat, Paris, Cerf, 2011
• "Al-Qaida au Maghreb Islamique : une logique de guerre", in Frédéric Charillon et Alain Dieckhoff (dir.), Afrique du Nord Moyen-Orient 2011-2012, Paris, Documentation française, 2011
• "French experiences in the Middle East", in International intervention in local conflicts, , sous la direction d’Uzi Rabi et à l’initiative de l’Université de Tel Aviv, Londres, IB Tauris, 2010.
• "La guerre des jihads", in Quel avenir pour l’Irak ?, Paris, L’Harmattan, 2010.
• "For a defused French-American dialogue in the Mediterranean", in Daniel Hamilton et Michel Foucher (dir.), France, America and the world, Washington, Johns Hopkins University, 2009.
• "Islam e politica nel mondo contemporaneo", in Roberto Tottoli (dir.), Le religioni e il mondo moderno, vol. III, L’Islam, Rome, Einaudi, 2009.
• Chapitre"Moyen-Orient" du Rapport de la Fondation Robert Schuman sur l’Etat de l’Union européenne, Paris, Lignes de repère, 2008.
• "Security in the Middle East: a French perspective" in Nuevo Orden de Seguridad para Oriente Medio, Madrid, Editorial Complutense, 1992.

Sélection d’articles

• "Libye, les défis de l’après-Kadhafi", Politique internationale, n°133, automne 2011
• "L’engagement de François Mitterrand au Moyen-Orient", Matériaux pour l’Histoire de notre temps, n°101-102, automne 2011
• "La campagne anti-française d’Al-Qaida au Sahara", Politique internationale,  n° 131, printemps 2011.
• "Vive el Islam una nueva edad de oro ?", Politica exterior, n° 139, janvier-février 2011.
  
• "Les quatre fronts d’Al-Qaida", Etudes, n° 4, tome 413, octobre 2010.
• "Could Al-Qaida turn African in the Sahel ?", Carnegie papers, n° 112, juin 2010.
• "Définir Al-Qaida", Critique internationale, n° 47,  juin 2010.
• "François Mitterrand and the Palestinians : 1956-95",  Journal of Palestine Studies, hiver 2009, numéro 150.
• "Al-Qaida in the Islamic Maghrib", Carnegie papers, octobre 2009, numéro 104.
• "The Brotherhood versus Al-Qaida: the moment of truth? », Current trends in islamist ideology, automne 2009, volume 8.
• "Local and global jihad : Al-Qa’ida in the Islamic Maghrib",  The Middle East journal, printemps 2009, volume 63, numéro 2.
• "La grande attente des universités palestiniennes", Quaderns de la Mediterrania, printemps-été 2009, numéro 11.
• "La ferita di Gaza", Il Mulino, mai-juin 2009, numéro 443.
• "Messianic tendencies in contemporary shi’ism", Current trends in islamist ideology, été 2009, volume 8.
• "Al-Qaida à bout de souffle",  Commentaire, hiver 2008-2009, numéro 124.
• "Al-Qaida au Sud de la Méditerranée",  Papers IEMED, janvier 2008, numéro 3.
• "Armagueddon ou l’apocalypse en miroirs",  La pensée de midi, automne 2008, numéro 26.
• "L’expansion du cyberjihad", in Afkar/Idées, été 2007, numéro 14.
• "Al-Qaida en 2007, la bataille du Jihadistan",  Politique internationale, automne 2007, numéro 116.